La controversia surgió a raíz de la posesión de José Ismael Peña Reyes como rector de la Universidad Nacional. El Gobierno, mostrando su inconformidad, solicitó al Consejo Superior Universitario (CSU) convocar una sesión extraordinaria para elegir un rector encargado y superar la vacancia en la representación estudiantil.

Esta acción, formalizada mediante la mencionada resolución, fue percibida como una violación a la autonomía universitaria.

El rector Peña Reyes respondió interponiendo una demanda de nulidad por inconstitucionalidad, argumentando que la resolución del Gobierno vulneraba derechos fundamentales como el debido proceso, la autonomía universitaria, y el derecho a la participación y a la igualdad.

El Juzgado falló a favor del rector, ordenando dejar sin efectos jurídicos la resolución del Ministerio de Educación y tutelando el derecho fundamental al debido proceso de Peña Reyes. Sin embargo, no tuteló los derechos a la participación y a la igualdad. Además, el fallo desvinculó al Departamento Administrativo de la Presidencia de la República del caso.

La ministra de Educación, Aurora Vergara, en un debate de control político defendió las acciones del Gobierno, afirmando que se ha cumplido estrictamente con la normatividad vigente. La ministra destacó que la decisión de expedir una resolución para designar un rector ‘ad hoc’ fue tomada en el marco de las facultades del Ministerio y en cumplimiento de la ley.

El fallo del Juzgado representa un significativo revés para el Gobierno Petro en su intento de intervenir en la administración de la Universidad Nacional, subrayando la importancia de respetar la autonomía universitaria y los derechos fundamentales involucrados en el proceso.